До - прыгает от 1 до 2,5V (СС1 и СС2)
После (с кабелем) - СС1 = 1,69V, CC2 = 5V.

Ну вот, развернете на 180 градусов штекер, будет наоборот на CC1 5в, CC2 1.69в , там где 5в появилось, резистор и стоит относительно vbus в этом кабеле.
У блока питания type-c вроде на массу резистор в кабеле будет установлен, можно поискать на них схему включения при желании.
Раз здесь отдельное гнездо для бп есть, поэтому не факт, что type-c порт сможет получить питание 20в от бп, он все равно слабый по мощности.
https://habr.com/ru/companies/ruvds/articles/710248/

Всё верно, так оно и есть.

Это всё интересно конечно, но куда копать дальше так и не ясно.
Посмотрел по борде, флешку U3401 с контроллером U3406 связывает разве что питание +LDOA_3V3
Может я что-то не так понял конечно.

PD_I2C3_SDA , PD_I2C3_SCL их связывает, готового ответа у меня нет, чтобы сказать, поменяйте это и все будет работать, дал вам ссылки поразмыслить над принципом работы, чтобы произвести необходимые замеры и сделать какие то выводы по дальнейшему ремонту. Сейчас из замеров одно ясно, U3403 по сс1 и сс2 отрабатывает определение подключенного кабеля нормально и должен передать информацию контроллеру U3406 , он в свою очередь должен usb порт активировать.

Проверил резисторы: R3418 и R3419, оба по борде 2.2К, всё соответствует.
Рядом R3426 и R3428, нулевики, всё ок.

Я вам ранее написал, на диодной прозвонке относительно массы проверьте падение напряжения в цепях TBT0_USB2_P , TBT0_USB2_N , TBT0_TX_P0 , TBT0_TX_N0 , TBT0_TX_P1 , TBT0_TX_N1 , TBT0_TXRX_P0, TBT0_TXRX_N0, TBT0_TXRX_P1 , TBT0_TXRX_N1 , проверьте в этих цепях конденсаторы и резисторы проходные, снимите (сдвиньте на их на 1 вывод, чтобы не потерять) временно ESD диоды TVS DIODE 5V/0.15PF DWN0603-2L для защиты от статики. Можно посмотреть, что происходит в цепях TBT0_CC1 , TBT0_CC2 при подключении кабеля, передает ли по ним информацию об этом контроллер U3403 контроллеру U3406 , хотя передает, иначе 5в не появилось бы на type-c. За коммутацию usb порта между процом и гнездом type-c отвечает U1101 , причем у него тоже есть своя флеха U1102