Например, клокер отдельно распаян на плате, или встроен в чипсет, сопротивление на ножках подключенного к нему кварца 0,5 - 2 Мега Ом, и должно быть примерно одинаковое?
А если допустим, на одном выводе кварца бесконечное сопротивление, говорит это о неисправности клокера?

Мегаомы. А значение зависит от чипа, к которому подключено, от прибора и его тока измерения, от полярности щупов, еще от чего-нибудь. К примеру, на хабовом кварце 25МГц платы на H61 от gigabite, тестером UT61E можно намерить 8-20Мом. Примерная одинаковость должна быть на выводах, точно не будет при таких сопротивлениях
500Ком - я бы задумался, утечка под хабом или он уже труп.